[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: دوره 11، شماره 1 - ( 11-1400 ) ::
جلد 11 شماره 1 برگشت به فهرست نسخه ها
ارزیابی تکاملی هاپلوتایپ‌های ژنتیکی غالب ویروس SARS-CoV-2 در ایران در بازه زمانی خرداد تا آبان 1399
شیرین جلیلی*1، هادی شیرزاد2، صادق صالحی3، پیمان تقی زاده3، رضا محمدی4
1- مرکز تحقیقات علوم و فناوری‌های زیستی و سلامت پلیس، معاونت بهداشت، امداد و درمان، فرماندهی انتظامی، تهران، ایران. ، Jalili.shirin@yahoo.com
2- مرکز تحقیقات علوم و فناوری‌های زیستی و سلامت پلیس، معاونت بهداشت، امداد و درمان، فرماندهی انتظامی، تهران، ایران.
3- کارشناس ارشد ژنتیک، مرکز تحقیقات علوم و فناوری‌های زیستی و سلامت پلیس، معاونت بهداشت، امداد و درمان، فرماندهی انتظامی، تهران، ایران
4- دکتری روانشناسی نظامی، مرکز تحقیقات علوم شناختی و رفتاری در پلیس، معاونت بهداشت، امداد و درمان، فرماندهی انتظامی، تهران، ایران
چکیده:   (343 مشاهده)
اهداف: مطالعات اولیه تغییرات نوکلئوتیدی درتوالی‌های ژنومی ویروس، منجر به شناسایی 13 گروه هاپلوتایپی شده است. از بین این هاپلوتایپ‌ها موارد H1، H2 و H5 بیشترین فراوانی را در دنیا نشان داده‌اند. بنابراین تغییرات برچسب تک‌نوکلئوتیدی، در این هاپلوتایپ‌ها با استفاده از روش PCR در جمعیت ایرانی ارزیابی شد.
مواد و روش‌ها: نمونه‌های RNA این مطالعه مقطعی از افرادی که در بازه زمانی خرداد تا آبان سال 1399 به یکی از آزمایشگاه‌های تشخیصی ناجا در شهر تهران مراجعه کرده بودند و ابتلای آنها به COVID-19 به وسیله تست PCR تأیید شده بود، گرفته شد. 300 نمونه به روش تصادفی انتخاب شدند. به منظور شناسایی و تعیین فراوانی تغییرات برچسب تک‌نوکلئوتیدی موجود در هاپلوتایپ‌های H1،H2 و H5 تمام نمونه‌ها با استفاده از رویکرد ARMS-PCR ارزیابی شدند. جهت کسب اطمینان از صحت نتایج ARMS-PCR تعدادی از نمونه‌ها به روش Sanger، توالی‌یابی شدند.
یافته‌ها: تعیین ژنوتیپ نمونه‌های ژنومی نشان داد، 122 نمونه دارای جهش شاخص گروه هاپلوتایپی H5 (28688T>C) و 158 نمونه دارای جهش شاخص گروه هاپلوتایپی H1 (14408C>T) بودند. همچنین مشاهده شد که 11 نمونه همزمان با دو هاپلوتایپ ویروسی متفاوت آلوده شده بودند. به علاوه در نمونه‌های مورد بررسی گروه هاپلوتایپی H2 مشاهده نشد.
نتیجه‌گیری: ارزیابی‌ها حکایت از آن دارد که جمعیت غالب ویروس‌های آلوده‌کننده افراد ایرانی در اوایل همه‌گیری دارای هاپلوتایپ H5 بودند. به دنبال گسترش قابل توجه گروه هاپلوتایپی H1 در سطح جهان و با گذشت زمان، این گروه به عنوان هاپلوتایپ غالب جایگزین H5 گردید. توالی‌های از نوع H1 واجد تغییرات مهمی در دو ژن RdRp و S بودند که به ترتیب در تکثیر ژنوم ویروس و اتصال به سلول میزبان نقش داشتند.
شماره‌ی مقاله: 14
واژه‌های کلیدی: SARS-CoV-2 [MeSHکووید-19 [MeSHجهش‌های کرونا ویروس ، هاپلوتایپ [MeSHتغییرات تک‌نوکلئوتیدی [MeSH
متن کامل [PDF 856 kb]   (140 دریافت)    
نوع مقاله: پژوهشی اصيل | موضوع مقاله: بهداشت انتظامی
دریافت: 1400/9/14 | پذیرش: 1400/11/23 | انتشار: 1400/12/25
چکیده گسترده [HTM 37 KB]  (3 دریافت)
فهرست منابع
1. Zhu N, Zhang D, Wang W, Li X, Yang B, Song J, et al. A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. N Engl J Med. 2020;382(8):727-33. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001017 [DOI:10.1056/nejmoa2001017] [PMID] [PMCID]
2. Hu B, Guo H, Zhou P, Shi ZL. Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19. Nat Rev Microbiol [Internet]. 2021;19(3):141-54. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41579-020-00459-7 [DOI:10.1038/s41579-020-00459-7] [PMID] [PMCID]
3. Zhou P, Yang X Lou, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature [Internet]. 2020;579(7798):270-3. http://dx.doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7 [DOI:10.1038/s41586-020-2012-7] [PMID] [PMCID]
4. Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, Song ZG, et al. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020;579(7798):265-9. https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3 [DOI:10.1038/s41586-020-2008-3] [PMID] [PMCID]
5. De Wit E, Van Doremalen N, Falzarano D, Munster VJ. SARS and MERS: Recent insights into emerging coronaviruses. Nat Rev Microbiol. 2016;14(8):523-34. [DOI:10.1038/nrmicro.2016.81] [PMID] [PMCID]
6. Fung TS, Liu DX. Human Coronavirus : Host-Pathogen Interaction. Annu Rev Microbiol. 2019;529-60. [DOI:10.1146/annurev-micro-020518-115759] [PMID]
7. Cui J, Li F, Shi ZL. Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. Nat Rev Microbiol. 2019;17(3):181-92. http://dx.doi.org/10.1038/s41579-018-0118-9 [DOI:10.1038/s41579-018-0118-9] [PMID] [PMCID]
8. Guan W, Ni Z, Hu Y, Liang W, Ou C, He J, et al. Clinical Characteristics of Coronavirus Disease 2019 in China. N Engl J Med. 2020;382(18):1708-20. DOI: 10.1056/NEJMoa2002032 [DOI:10.1056/NEJMoa2002032] [PMID] [PMCID]
9. Ramanathan K, Antognini D, Combes A, Paden M, Zakhary B, Ogino M, et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet. 2020;395:497-506. [DOI:10.1016/S0140-6736(20)30183-5]
10. Cucinotta D, Vanelli M. WHO declares COVID-19 a pandemic. Acta Biomed. 2020;91(1):157-60. [DOI:10.23750/abm.v91i1.9397]
11. WHO. Addressing Human Rights as Key to the COVID-19 Response. World Heal Organ. 2020:1-4. https://www.who.int/publications-detail/addressing-human-rights-as-key-to-the-covid-19-response
12. Du L, He Y, Zhou Y, Liu S, Zheng BJ, Jiang S. The spike protein of SARS-CoV - A target for vaccine and therapeutic development. Nat Rev Microbiol. 2009;7(3):226-36. https://www.nature.com/articles/nrmicro2090 [DOI:10.1038/nrmicro2090] [PMID] [PMCID]
13. Li F. Structure, Function and evolution of coronavirus spike proteins. Annu Rev Virol. 2016;3:237-61. [DOI:10.1146/annurev-virology-110615-042301] [PMID] [PMCID]
14. Safari I, InanlooRahatloo K, Elahi E. World-wide tracking of major SARS-CoV-2 genome haplotypes in sequences of June 1 to November 15, 2020 and discovery of rapid expansion of a new haplotype. J Med Virol. 2021;93(5):3251-6. [DOI:10.1002/jmv.26802] [PMID]
15. Safari I, InanlooRahatloo K, Elahi E. Evolution of SARS-CoV-2 genome from December 2019 to late March 2020: Emerged haplotypes and informative Tagnucleotide variations. J Med Virol. 2021;93(4):2010-20. [DOI:10.1002/jmv.26553] [PMID] [PMCID]
16. Forster P, Forster L, Renfrew C, Forster M. Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020;117(17):9241-3. [DOI:10.1073/pnas.2004999117] [PMID] [PMCID]
17. Tang X, Wu C, Li X, Song Y, Yao X, Wu X, et al. On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2. Natl Sci Rev. 2020;7(6):1012-23. [DOI:10.1093/nsr/nwaa036] [PMID] [PMCID]
18. Pachetti M, Marini B, Benedetti F, Giudici F, Mauro E, Storici P, et al. Emerging SARS-CoV-2 mutation hot spots include a novel RNA-dependent-RNA polymerase variant. J Transl Med. 2020;18(1):1-9. [DOI:10.1186/s12967-020-02344-6] [PMID] [PMCID]
19. Khailany RA, Safdar M, Ozaslan M. Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2. Gene Reports [Internet]. 2020;19:100682. [DOI:10.1016/j.genrep.2020.100682] [PMID] [PMCID]
20. Kames J, Holcomb DD, Kimchi O, DiCuccio M, Hamasaki-Katagiri N, Wang T, et al. Sequence analysis of SARS-CoV-2 genome reveals features important for vaccine design. Sci Rep. 2020;10(1):1-11. [DOI:10.1038/s41598-020-72533-2] [PMID] [PMCID]
21. Djikeng A, Spiro D. Advancing full length genome sequencing for human RNA viral pathogens. Future Virol. 2009;4(1):47-53. https://dx.doi.org/10.2217%2F17460794.4.1.47 [DOI:10.2217/17460794.4.1.47] [PMID] [PMCID]
22. Eden JS, Rockett R, Carter I, Rahman H, De Ligt J, Hadfield J, et al. An emergent clade of SARS-CoV-2 linked to returned travellers from Iran. Virus Evol. 2020;6(1):1-4. [DOI:10.1093/ve/veaa027] [PMID] [PMCID]
23. Fattahi Z, Mohseni M, Jalalvand K, Aghakhani Moghadam F, Ghaziasadi A, Keshavarzi F, et al. SARS-CoV-2 outbreak in Iran: The dynamics of the epidemic and evidence on two independent introductions. Transbound Emerg Dis. 2021:1-12. [DOI:10.1111/tbed.14104] [PMID] [PMCID]
24. Wang R, Chen J, Gao K, Hozumi Y, Yin C, Wei GW. Analysis of SARS-CoV-2 mutations in the United States suggests presence of four substrains and novel variants. Commun Biol. 2021;4(1):1-14. http://dx.doi.org/10.1038/s42003-021-01754-6 [DOI:10.1038/s42003-021-01754-6] [PMID] [PMCID]
25. Jiang Y, Yin W, Xu HE. RNA-dependent RNA polymerase: Structure, mechanism, and drug discovery for COVID-19. Biochem Biophys Res Commun. 2021;538:47-53. [DOI:10.1016/j.bbrc.2020.08.116] [PMID] [PMCID]
26. Zhu N, Zhang D, Wang W, Li X, Yang B, Song J, et al. A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. N Engl J Med. 2020;382(8):727-33. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001017 [DOI:10.1056/nejmoa2001017] [PMID] [PMCID]
27. Hu B, Guo H, Zhou P, Shi ZL. Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19. Nat Rev Microbiol [Internet]. 2021;19(3):141-54. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41579-020-00459-7 [DOI:10.1038/s41579-020-00459-7] [PMID] [PMCID]
28. Zhou P, Yang X Lou, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature [Internet]. 2020;579(7798):270-3. http://dx.doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7 [DOI:10.1038/s41586-020-2012-7] [PMID] [PMCID]
29. Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, Song ZG, et al. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020;579(7798):265-9. https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3 [DOI:10.1038/s41586-020-2008-3] [PMID] [PMCID]
30. De Wit E, Van Doremalen N, Falzarano D, Munster VJ. SARS and MERS: Recent insights into emerging coronaviruses. Nat Rev Microbiol. 2016;14(8):523-34. [DOI:10.1038/nrmicro.2016.81] [PMID] [PMCID]
31. Fung TS, Liu DX. Human Coronavirus : Host-Pathogen Interaction. Annu Rev Microbiol. 2019;529-60. [DOI:10.1146/annurev-micro-020518-115759] [PMID]
32. Cui J, Li F, Shi ZL. Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. Nat Rev Microbiol. 2019;17(3):181-92. http://dx.doi.org/10.1038/s41579-018-0118-9 [DOI:10.1038/s41579-018-0118-9] [PMID] [PMCID]
33. Guan W, Ni Z, Hu Y, Liang W, Ou C, He J, et al. Clinical Characteristics of Coronavirus Disease 2019 in China. N Engl J Med. 2020;382(18):1708-20. DOI: 10.1056/NEJMoa2002032 [DOI:10.1056/NEJMoa2002032] [PMID] [PMCID]
34. Ramanathan K, Antognini D, Combes A, Paden M, Zakhary B, Ogino M, et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet. 2020;395:497-506. [DOI:10.1016/S0140-6736(20)30183-5]
35. Cucinotta D, Vanelli M. WHO declares COVID-19 a pandemic. Acta Biomed. 2020;91(1):157-60. [DOI:10.23750/abm.v91i1.9397]
36. WHO. Addressing Human Rights as Key to the COVID-19 Response. World Heal Organ. 2020:1-4. https://www.who.int/publications-detail/addressing-human-rights-as-key-to-the-covid-19-response
37. Du L, He Y, Zhou Y, Liu S, Zheng BJ, Jiang S. The spike protein of SARS-CoV - A target for vaccine and therapeutic development. Nat Rev Microbiol. 2009;7(3):226-36. https://www.nature.com/articles/nrmicro2090 [DOI:10.1038/nrmicro2090] [PMID] [PMCID]
38. Li F. Structure, Function and evolution of coronavirus spike proteins. Annu Rev Virol. 2016;3:237-61. [DOI:10.1146/annurev-virology-110615-042301] [PMID] [PMCID]
39. Safari I, InanlooRahatloo K, Elahi E. World-wide tracking of major SARS-CoV-2 genome haplotypes in sequences of June 1 to November 15, 2020 and discovery of rapid expansion of a new haplotype. J Med Virol. 2021;93(5):3251-6. [DOI:10.1002/jmv.26802] [PMID]
40. Safari I, InanlooRahatloo K, Elahi E. Evolution of SARS-CoV-2 genome from December 2019 to late March 2020: Emerged haplotypes and informative Tagnucleotide variations. J Med Virol. 2021;93(4):2010-20. [DOI:10.1002/jmv.26553] [PMID] [PMCID]
41. Forster P, Forster L, Renfrew C, Forster M. Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020;117(17):9241-3. [DOI:10.1073/pnas.2004999117] [PMID] [PMCID]
42. Tang X, Wu C, Li X, Song Y, Yao X, Wu X, et al. On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2. Natl Sci Rev. 2020;7(6):1012-23. [DOI:10.1093/nsr/nwaa036] [PMID] [PMCID]
43. Pachetti M, Marini B, Benedetti F, Giudici F, Mauro E, Storici P, et al. Emerging SARS-CoV-2 mutation hot spots include a novel RNA-dependent-RNA polymerase variant. J Transl Med. 2020;18(1):1-9. [DOI:10.1186/s12967-020-02344-6] [PMID] [PMCID]
44. Khailany RA, Safdar M, Ozaslan M. Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2. Gene Reports [Internet]. 2020;19:100682. [DOI:10.1016/j.genrep.2020.100682] [PMID] [PMCID]
45. Kames J, Holcomb DD, Kimchi O, DiCuccio M, Hamasaki-Katagiri N, Wang T, et al. Sequence analysis of SARS-CoV-2 genome reveals features important for vaccine design. Sci Rep. 2020;10(1):1-11. [DOI:10.1038/s41598-020-72533-2] [PMID] [PMCID]
46. Djikeng A, Spiro D. Advancing full length genome sequencing for human RNA viral pathogens. Future Virol. 2009;4(1):47-53. https://dx.doi.org/10.2217%2F17460794.4.1.47 [DOI:10.2217/17460794.4.1.47] [PMID] [PMCID]
47. Eden JS, Rockett R, Carter I, Rahman H, De Ligt J, Hadfield J, et al. An emergent clade of SARS-CoV-2 linked to returned travellers from Iran. Virus Evol. 2020;6(1):1-4. [DOI:10.1093/ve/veaa027] [PMID] [PMCID]
48. Fattahi Z, Mohseni M, Jalalvand K, Aghakhani Moghadam F, Ghaziasadi A, Keshavarzi F, et al. SARS-CoV-2 outbreak in Iran: The dynamics of the epidemic and evidence on two independent introductions. Transbound Emerg Dis. 2021:1-12. [DOI:10.1111/tbed.14104] [PMID] [PMCID]
49. Wang R, Chen J, Gao K, Hozumi Y, Yin C, Wei GW. Analysis of SARS-CoV-2 mutations in the United States suggests presence of four substrains and novel variants. Commun Biol. 2021;4(1):1-14. http://dx.doi.org/10.1038/s42003-021-01754-6 [DOI:10.1038/s42003-021-01754-6] [PMID] [PMCID]
50. Jiang Y, Yin W, Xu HE. RNA-dependent RNA polymerase: Structure, mechanism, and drug discovery for COVID-19. Biochem Biophys Res Commun. 2021;538:47-53. [DOI:10.1016/j.bbrc.2020.08.116] [PMID] [PMCID]
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

jalili S, shirzad H, salehi S, taghizadeh P, mohammadi R. Evolutionary evaluation of the dominant genetic haplotype of SARS-CoV-2 virus in Iran from June to November 2020. J Police Med. 2022; 11 (1)
URL: http://jpmed.ir/article-1-1064-fa.html

جلیلی شیرین، شیرزاد هادی، صالحی صادق، تقی زاده پیمان، محمدی رضا. ارزیابی تکاملی هاپلوتایپ‌های ژنتیکی غالب ویروس SARS-CoV-2 در ایران در بازه زمانی خرداد تا آبان 1399. نشریه طب انتظامی. 1400; 11 (1)

URL: http://jpmed.ir/article-1-1064-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 11، شماره 1 - ( 11-1400 ) برگشت به فهرست نسخه ها
نشریه علمی پژوهشی طب انتظامی Journal of Police Medicine
Persian site map - English site map - Created in 0.05 seconds with 28 queries by YEKTAWEB 4419