مقدمه: بیمارستان‌ها برای بالا بردن کیفیت مراقبت‌های بهداشتی و کاهش زمان و هزینه در ارائه مراقبت‌های بهداشتی بایستی از یک برنامه استراتژیک پیروی نمایند. اجرای استراتژی‌ها در بیمارستان‌ها به سهولت امکان‌پذیر نبوده و مدیران بیمارستان‌ها برای اجرای آن‌ها، موانعی بر سر راه خود دارند. هدف از انجام این پژوهش شناسایی موانع اجرای برنامه استراتژیک در بیمارستان‌های نظامی و غیرنظامی شهر کرمان می‌باشد.

مواد و روش‌ها: این پژوهش به‌صورت توصیفی- مقطعی در سال 1393 بر روی مدیران ارشد، میانی و اجرایی سه بیمارستان غیرنظامی منتخب و هر سه بیمارستان‌ نظامی کرمان انجام شده است. تعداد کل نمونه‌ها 25 نفر بود که به‌صورت سرشماری مورد بررسی قرار گرفتند. ابزار مورداستفاده در این تحقیق، پرسشنامه و مشتمل بر دو قسمت که قسمت اول شامل اطلاعات دموگرافیک و قسمت دوم شامل چهار حیطه عوامل انسانی، عوامل فرایندی، عوامل ساختاری، عوامل نهادی بود. تجزیه‌وتحلیل داده‌ها با SPSS 21 انجام شد.

یافته‌ها: نتایج نشان داد که موانع اجرای برنامه استراتژیک در بیمارستان‌های نظامی و غیرنظامی به ترتیب مرتبط با عوامل ساختاری، انسانی، فرایندی و نهادی می‌باشد. بین موانع اجرای استراتژی‌ها در بیمارستان‌های نظامی و غیرنظامی اختلاف معناداری وجود نداشت (0/05 > p).

نتیجه‌گیری: عوامل ساختاری، مهمترین مانع در عدم اجرای استراتژی‎ها در بیمارستان‎ها می‎باشند و مدیران بایستی ساختارها را با استراتژی‎های مراکز درمانی تحت مدیریت خود هماهنگ نمایند.