fa بهینه‌سازی ساختار نانو بادی‌های به‌دست‌آمده از کتابخانه فاژی علیه دمین NTR-DR5 از طریق داکینگ فناوری‌های مرتبط با طب انتظامی Police Medicine Related Technologies مروری سيستماتيک Systematic Review <p>مقدمه: آنتی‌بادی‌ها نقش مهمی در ایمونوتراپی، پژوهش‌های بنیادی و فرآیندهای صنعتی بازی می‌کنند. مطالعه میان کنش بین کمپلکس‌های آنتی بادی-آنتی ژن از اهمیت خاصی برای درک عملکرد آن‌ها برخوردار است. از این اطلاعات می‌توان در جهت بهینه‌سازی آنتی‌بادی‌های موجود و طراحی منطقی آنتی‌بادی‌های جدید، به‌منظور درمان و کاربردهای بیوتکنولوژی همچون حسگرهای زیستی بهره برد. امروزه مهندسی آنتی‌بادی به‌طور گسترده‌ای در زمینه‌های مختلف ازجمله پزشکی، علوم جنایی، نظامی و صنایع دفاعی کاربرد دارد. طراحی چنین آنتی‌بادی‌هایی کار چالش‌برانگیزی است. داکینگ روش محاسباتی است که می‌تواند کنفورماسیون یک ساختار کمپلکس (به‌طور مثال آنتی بادی-آنتی ژن) را از اجزای آن پیش‌بینی می‌کند. اعتبار سنجی آنتی‌بادی طراحی‌شده توسط ابزار داکینگ انجام می‌شود. مواد و روش‌ها: در این تحقیق، از نانو بادی‌های مستعد علیه گیرنده مرگ 5 (DR5) که قبلاً از طریق تکنیک نمایش فاژی انتخاب‌شده بودند برای مدل‌سازی، داکینگ و طراحی جهش‌ها استفاده شد. برای طراحی و اعتبار سنجی VHH هایی که نسبت به DR5 تمایل اتصالی بهتری داشته باشند، بر پایه نتایج آزمایشگاهی، از پیش‌بینی ساختار کمپلکس VHH-DR5 توسط داکینگ استفاده شد. یافته‌ها: با آنالیز مدل‌های به‌دست‌آمده، چندین نانو بادی جهش‌یافته طراحی شد که به شیوه‌ای قابل پیش‌بینی ویژگی‌هایشان، مخصوصاً قابلیت اتصالشان به DR5، بهبودیافته بود. نتیجه‌گیری: این نانو بادی‌های طراحی‌شده با توجه به جایگاه اتصالشان روی DR5 می‌توانند کاندیداهای مناسبی برای راه‌اندازی آپوپتوز در سلول‌های سرطانی متفاوت باشند.</p> <p>Background: Antibodies play a major role in the immunotherapy, basic researches and industrial processes. Studying interactions between antibody-antigen complexes is important to know how they function that helps to improve their properties and to design new better antibodies through rational engineering for therapeutic or biotechnological applications, including the production of biosensors. Nowadays, Antibody Engineering is widely used in many fields such as medicine, criminal sciences, military, defense industries, etc. Designing antibodies with desired properties are a challenging task. Computational docking is the method of predicting the conformation of a complex structure (such as antibody-antigen) from its separated elements. The validation of designed antibodies is carried out by docking tools. Materials and Methods: In this study, some potent nanobodies against death receptor5 (DR5) which had been selected using phage display technique, were modeled and docked with their antigen, then were mutated to improve their binding affinity. Based on the experimental results, docking structural prediction of DR5-VHH complex was used for designing and validation of VHHs with higher affinity for binding to DR5 receptor. Results: By analysis of the models, several mutants of nanobodies were designed, and their properties improved in a predictable manner especially for their binding ability to DR5. Conclusion: The designed nanobodies, considering their binding site on DR5, could be potential candidates to trigger apoptosis in various cancer cells.</p> بهینه‌سازی نانو بادی, گیرنده مرگ 5, آپوپتوز, پروتئین داکینگ nanobody optimization, DR5, apoptosis, protein Docking 221 230 http://jpmed.ir/browse.php?a_code=A-10-386-1&slc_lang=fa&sid=1 shirin jalili شیرین جلیلی jalili.shirin@yahoo.com 10031947532846009952 10031947532846009952 No Ph.D. Candidate, Department of Biochemistry, Faculty of Biological Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran. دانشجوی دکتری بیوشیمی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران Shahriar Arab سیدشهریار عرب hasannia@modares.ac.ir 10031947532846009953 10031947532846009953 No Assistant Professor, Department of Biophysics, Faculty of Biological Sciences, Tarbiat modares University, Tehran, Iran. استادیار، گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران Sadegh Hassannia صادق حسن نیا sh.arab@modares.ac.ir 10031947532846009954 10031947532846009954 Yes Associated Professor, Department of Biochemistry, Faculty of Biological Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran. دانشیار، گروه بیوشیمی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران Samira poulakchi saber سمیرا پولکچی صابر 10031947532846009955 10031947532846009955 No Ph.D. Candidate, Department of Biophysics, Faculty of Biological Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran دانشجوی دکتری بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران Ammar Mohseni عمار محسنی a.mohseni@modares.ac.ir 10031947532846009956 10031947532846009956 No Ph.D. Candidate, Department of Biochemistry, Faculty of Biological Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran. دانشجوی دکتری بیوشیمی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران