fa طراحی بیوانفورماتیکی یک سازه هیبریدی به عنوان کنترل مثبت جهت شناسایی هم‌زمان چهار عامل بیماری‌زا به روش PCR طب ترور Assassination Medicine پژوهشی اصيل Original Research <p dir="RTL" style="text-align:justify">اهداف: امروزه یکی از مهم‌ترین مشکلات در تشخیص پاتوژن‌های انسانی، کمبود کنترل مثبت است. ایدۀ استفاده از حامل‌های هیبریدی شامل ژن‌های پاتوژن‌های مختلف، می‌تواند به این محدودیت‌ها غلبه کند. ما می‌توانیم برای هر ناحیه پرایمرهای اختصاصی طراحی و از حامل‌های هیبریدی به عنوان نمونۀ‌ کنترل مثبت در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز استفاده کنیم. در این پروژه، ما یک حامل هیبرید و پرایمرهای مربوطه را برای تشخیص فرانسیسلا، واریولا، بورخولدریا و یرسینیا به‌صورت انفورماتیکی طراحی کردیم.</p> <p dir="RTL" style="text-align:justify"><strong>مواد و </strong><strong>روش‌ها:</strong> در این مطالعه ژن‌های <span dir="LTR">fopA</span>، <span dir="LTR">caf۱</span>، <span dir="LTR">۱۶srRNA</span> و <span dir="LTR">HA</span> به ترتیب به نمایندگی از فرانسیسلا، یرسینیا، بورخولدریا و واریولا برای قرار‌دادن روی حامل انتخاب شدند. توالی این ژن‌ها از پایگاه دادۀ <span dir="LTR">NCBI</span> به فرمت <span dir="LTR">FASTA</span> استخراج شد و برای یافتن ناحیۀ حفاظت‌شدۀ هر ژن، در نرم‌افزار <span dir="LTR">BioEdit ۷.۰.۵.۳</span> هم‌ردیف‌سازی شد. سپس تغییرات خاصی در هر منطقه ژنی اعمال گردید و توالی‌ها در کنار یکدیگر قرار گرفتند و سازه مدنظر طراحی شد. پرایمرهای اختصاصی برای هر ناحیه‌ی ژنی با استفاده از نرم‌افزارهای <span dir="LTR">Oligo ۷</span>، <span dir="LTR">BioEdit</span> و همچنین ابزار <span dir="LTR">OligoAnalyzer</span> و پایگاه‌دادۀ <span dir="LTR">NCBI</span> طراحی شد. در پایان در نرم‌افزار <span dir="LTR">SnapGene ۳.۲.۰.۱</span>، سازه‌ در حامل <span dir="LTR">PUC۵۷</span> همسانه‌سازی شد و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز روی حامل هیبریدی با استفاده از پرایمرهای طراحی‌شده، شبیه‌سازی گردید.</p> <p dir="RTL" style="text-align:justify"><strong>یافته‌ها:</strong> آنالیزها تأیید کردند که نواحی حفاظت‌شده برای هر ژن روی حامل هیبریدی قرار گرفتند و شبیه‌سازی واکنش زنجیره‌ای پلیمراز، صحت پرایمرهای طراحی‌شده را تأیید کرد.</p> <p dir="RTL" style="text-align:justify"><strong>نتیجه‌گیری:</strong> یک سازه هیبریدی شبیه‌ساز ژنتیکی به همراه انواع پرایمرهای مورد نیاز برای شناسایی چهار عامل فرانسیسلا، واریولا، بورخولدریا و یرسینیا به‌صورت بیوانفورماتیکی طراحی شده است تا بتوان با استفاده از آن به عنوان کنترل‌ مثبت، در شرایط اضطراری بتوانیم این‌گونه عوامل را شناسایی کنیم.</p> <p>Aims: Today, one of the most important problems in detection of human pathogens, is lack of positive control. The idea of using hybrid vectors, containing genes of different pathogens, can overcome this limitation. We can design specific primers for each region and use the hybrid vector as positive control sample in PCR. In this research we designed an in silico hybrid vector and relevant primers for detection of<em> Francisella, Variola, Burkholderia</em> and <em>Yersinia</em>.</p> <p style="text-align:justify">Materials & Methods: In this study, fopA, caf1, 16srRNA and HA genes were chosen to be located on the vector, to respectively represent <em>Francisella, Yersinia, Burkholderia </em>and <em>Variolla</em>,. The sequence of these genes were obtained from NCBI in FASTA format and were aligned in BioEdit 7.0.5.3 software for finding conserve region of each gene, then some purposeful changes were applied in the sequence of each gene and the sequences were placed next to each other and the construct was designed. Specific primers were designed for each region using Oligo7, BioEdit, OligoAnalyzer tool as well as NCBI database. Finally, the construct was cloned in PUC57 in SnapGene 3.2.0.1 and PCR was simulated on hybrid vector using designed primers.</p> <p>Findings: Analysis confirmed that conserved regions for each gene were located on hybrid vector, and simulation of PCR proved the accuracy of designed primers.</p> <p>Conclusion: A genetic simulator hybrid construct with the types of primers required to identify the four factors <em>Francisla</em>, <em>Varivola</em>, <em>Borghuleria</em> and <em>Yersinia</em> has been designed in silico so that such factors could be identified under positive control in emergencies.</p> سازه‌ی هیبریدی, فرانسیسلا, واریولا, بورخولدریا, یرسینیا Cloning Vector [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/68005822], Francisella [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/68005603], Variola [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/68012901], Burkholderia [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/68019117], Yersinia [https://w 9 16 http://jpmed.ir/browse.php?a_code=A-10-938-1&slc_lang=fa&sid=1 M Simkhah مونا سیم خواه esi89@gmail.com 100319475328460011409 100319475328460011409 Yes Faculty of Chemistry & Chemical Engineering, Malek Ashtar University of Technology, Iran مجتمع دانشگاهی شیمی و مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، ایران M.J. Dehghan Esmatabadi محمدجواد دهقان عصمت‌آبادی 100319475328460011410 100319475328460011410 No Faculty of Chemistry & Chemical Engineering, Malek Ashtar University of Technology, Iran مجتمع دانشگاهی شیمی و مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، ایران M Zeinoddini مهدی زین‌الدینی 100319475328460011411 100319475328460011411 No Faculty of Chemistry & Chemical Engineering, Malek Ashtar University of Technology, Iran مجتمع دانشگاهی شیمی و مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، ایران N Pourmahdi نفیسه پورمهدی 100319475328460011412 100319475328460011412 No Faculty of Chemistry & Chemical Engineering, Malek Ashtar University of Technology, Iran مجتمع دانشگاهی شیمی و مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، ایران